Podobny system kapitanii Portugalia stosowała również na wyspach atlantyckich, skąd przeniosła go do Brazylii.
Pierwsi osadnicy zamieszkujący kapitanie w stanie Bahia prowadzili utarczki z miejscowymi plemionami indiańskimi. Ważnym sojusznikiem Portugalczyków był ich rodak Diogo Caramuru (właściwie Álvares Correia), którego statek zatonął u wybrzeży Bahia w 1510 lub 1511 roku. Rozbitek został uratowany przez Indian i włączony do plemienia, gdzie z czasem został członkiem plemiennej starszyzny, zyskał wielki szacunek i ożenił się z córką wodza. Caramuru pomagał osadnikom zawierać rozejmy z Indianami i powstrzymywał plemiona od napadania na wioski Portugalczyków, a także pełnił funkcję ambasadora i emisariusza króla Portugalii, który często kierował do niego oficjalną korespondencję. lewo|mały|Pelourinho w Salvadorze System kapitanii nie do końca się sprawdzał – kapitanie nie przynosiły w większości spodziewanych zysków (z wyjątkiem kapitanii Pernambuco), a donatariusze nie byli w stanie zapewnić osadnikom bezpieczeństwa. Król Portugalii Jan III zdecydował o centralizacji władzy w kolonii i włączeniu kapitanii Bahia bezpośrednio do portugalskiej korony. Nazwał ją Kapitanią Królewską (Capitania Real) i miała się tam znajdować siedziba władz całej kolonii.