1 marca 2009 roku Delegaci Porozumienia Zielonogórskiego dokonali zmian statutu Federacji. Najistotniejsza zmiana dotyczyła władz PZ. Dotychczasowe Organy Porozumienia: 1) Prezydium Porozumienia Zielonogórskiego, 2) Sekretariat, 3) Komisja Rewizyjna przekształcone zostały w: 1) Walne Zgromadzenie Federacji, 2) Zarząd i 3) Komisję Rewizyjną. Pojawiła się funkcja Prezesa PZ w zamian sześcioosobowego Sekretariatu, na którego stanowisko wybrano dotychczasowego Sekretarza Porozumienia, Bożenę Janicką. Funkcje wiceprezesów objęli: Teresa Dobrzańska-Pielichowska i Krzysztof Radkiewicz.
W 2010 zmieniono Zarząd PZ. Prezesem został Jacek Krajewski.
W dniu 6 marca 2011 jeden z członków federacji – „Wielkopolskie Porozumienie Zielonogórskie” – kierowany przez Bożenę Janicką, reprezentujący województwo wielkopolskie podjął decyzję o opuszczeniu organizacji.