Organizacja i zasady działania Głównymi organami NFZ są Rada i Prezes Funduszu, a także rady oddziałów wojewódzkich Funduszu i ich dyrektorzy. 10-osobową Radę Funduszu powołuje premier na 5-letnią kadencję. Prezesa Funduszu powołuje minister właściwy ds. zdrowia po zasięgnięciu opinii Rady FunduszuArt. 102 ust. 2 Ustawy z dnia 27 sierpnia 2004 r. o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych.. Struktura organizacyjna NFZ składa się z Centrali, Oddziałów Wojewódzkich oraz ich delegatur.
Oddziały Wojewódzkie działają w każdym województwie. Istnieją więc oddziały: (01R) Dolnośląski, (02R) Kujawsko-Pomorski, (03R) Lubelski, (04R) Lubuski, (05R) Łódzki, (06R) Małopolski, (07R) Mazowiecki, (08R) Opolski, (09R) Podkarpacki, (10R) Podlaski, (11R) Pomorski, (12R) Śląski, (13R) Świętokrzyski, (14R) Warmińsko-Mazurski, (15R) Wielkopolski, (16R) Zachodniopomorski.
Każdy z oddziałów ma przyporządkowany sobie nr oddziału (wymagany jest on np. na blankietach recept).