. Było też pierwszą siedzibą biskupów warmińskich i siedzibą katedry diecezjalnej oraz funkcjonującej przy katedrze kapituły warmińskiej, można je zatem uznać za pierwszą stolicę Warmii. Jednak już w 1278 roku Henryk Fleming po zniszczeniach pruskich przeniósł stolicę biskupstwa – katedrę i kapitułę – do Fromborka. Natomiast w 1340 roku przeniesiono z Braniewa również siedzibę biskupów, początkowo na krótko do Ornety, a w 1350 roku do Lidzbarka Warmińskiego. Komornictwo braniewskie było jednym z siedmiu komornictw na Warmii podlegających władzy biskupów warmińskich (pozostałe trzy podlegały władzy kapituły).
Od XIII wieku miasto było ważnym ośrodkiem handlowym oraz jedynym warmińskim portem morskim (dopiero pod koniec XVIII wieku zdegradowanym przez port w Piławie). Od 1358 roku było członkiem Hanzy, co zapewniało mu kupiecką autonomię w granicach warmińskiego dominium biskupiego. Z miast Warmii tylko Braniewo i Frombork były lokowane na prawie lubeckim, co związane było z ich nadmorskim charakterem i przynależnością do Związku Hanzeatyckiego (pozostałe miasta Warmii lokowane były na prawie chełmińskim).