od 1400 pod obecną nazwą. Prawdopodobnie działała w niej huta szkła. Od ok. 1470 roku była wsią królewską. W 1590 roku została wyłączona ze starostwa ojcowskiego i przekazana w samodzielną dzierżawę Marcinowi Borzęckiemu. W końcu XVI wieku 16 kmieci uprawiało we wsi 9 łanów ziemi. W 1792 roku we wsi mieszkało 290 osób, w tym 5 Żydów. Stał dwór, browar, młyn i karczma. Po kongresie wiedeńskim Szklary znalazły się w Królestwie Polskim (zabór rosyjski).
5 kwietnia 1863 roku oddział ochotników przekraczających kordon austriacko-rosyjski stoczył potyczkę z Rosjanami, zakończoną rozproszeniem prawie 500-osobowego oddziału powstańców. Podczas II Wojny Światowej 22 sierpnia 1944 roku doszło do pacyfikacji wsi przez oddział egzekucyjny formacji SS i SA z Olkusza. Jej bezpośrednim powodem była stoczona dzień wcześniej w Dolinie Racławki przypadkowa potyczka oddziału partyzanckiego Armii Ludowej z kilkunastoosobową grupą młodzieży Hitlerjugend, w wyniku której poległ jeden partyzant i trzech młodych Niemców. Oddział, który przybył na teren Szklar schwytał 6 miejscowych chłopów z których troje zostało zastrzelonych na miejscu, dwoje zbiegło, a jeden został zwolniony.