Modyfikacja 747-200B o zmienionym wnętrzu. VC-25A – popularnie nazywany Air Force One (chociaż faktycznie nazwą Air Force One oznaczany jest jakikolwiek statek latający US Air Force, na pokładzie którego aktualnie przebywa prezydent USA). Są to zmodyfikowane C-25. Mają rozbudowane i unowocześnione wyposażenie nawigacyjne i komunikacyjne. Posiadają także urządzenia do tankowania w locie. E-4 – zmilitaryzowana wersja 747-200. Samoloty te mogą służyć jako mobilne centra dowodzenia w sytuacjach kryzysowych. Również posiadają wyposażenie do tankowania w czasie lotu. Samoloty te są wyposażone w osłony przeciw efektom wybuchów jądrowych, między innymi przeciwko impulsom elektromagnetycznym (EMP). Występuje w dwóch podwersjach: E-4A E-4B Boeing 747 LCF Dreamlifter – wersja wyolbrzymiona, przystosowana do przewożenia części kadłuba nowego Boeinga 787.