Powstanie to, wsparte w 1654 przez Rosję, doprowadziło do wybuchu wojny polsko-rosyjskiej w latach 1654–1667, przerwanej w latach 1656–1660 wybuchem wojny polsko-szwedzkiej, związanej z II wojną północną (1655–1660, nazwanej „potopem szwedzkim”, gdyż prawie cała Rzeczpospolita została wówczas opanowana przez wojska szwedzkie).
W 1648, Jan Kazimierz, pozostając pod wpływem kanclerza wielkiego koronnego Jerzego Ossolińskiego był początkowo zwolennikiem porozumienia z Bohdanem Chmielnickim. Jednak już w 1649, pozbawiony złudzeń, wyruszył w pole na czele wojsk Rzeczypospolitej.
W lecie 1649, idąc z odsieczą obleganemu Zbarażowi, stoczył bitwę pod Zborowem, zakończoną podpisaniem ugody zborowskiej i przeciągnięciem na stronę polską chana krymskiego Islama III Gireja.
W 1651 król dzięki swoim zdolnościom strategicznym odniósł świetne zwycięstwo nad połączonymi wojskami kozacko-tatarskimi w bitwie pod Beresteczkiem i zmusił Kozaków do podpisania mniej korzystnej dla nich ugody w Białej Cerkwi. Mimo to powstania kozackie tliły się nadal i nie było spokojnie na południowo-wschodnich kresach Rzeczypospolitej.