Po ujawnieniu afery Skrzypczak zmienił zasady zawierania kontraktów. Od tej pory umowy dotyczące pomocy humanitarnej podpisywano w obecności oficerów żandarmerii i kontrwywiadu wojskowego.
Jeszcze przed wyruszeniem na misję, w listopadzie 2004 roku Skrzypczak z trzydziestoma oficerami odwiedził bazę Fort Bragg w Karolinie Północnej, siedzibę 82 Dywizji Powietrznodesantowej. Polacy polecieli za Atlantyk, żeby zgrywać się z Amerykanami, którzy też szykowali się na zmianę swojego korpusu. Na nowego dowódcę został wyznaczony generał John Vines.
29 listopada 2004 Skrzypczak został oficjalnie wyznaczony na dowódcę Wielonarodowej Dywizji Centrum-Południe w ramach IV zmiany PKW Irak. 6 grudnia 2004 przekazał pełnienie obowiązków dowódcy żagańskiej dywizji swojemu zastępcy, gen. bryg. Jerzemu Krzywieckiemu.
W międzyczasie przyszła decyzja o redukcji polskiego kontyngentu w Iraku do 1700 żołnierzy. Ograniczenia liczby wojska nikt z dowódcą zmiany nie konsultował. Mimo tego Skrzypczak nie poddawał się i na początku 2005 roku wyruszył ze swoimi żołnierzami do Iraku.