Załatwił także z władzami sowieckimi prawo do podróży przez Syberię dla osób, które otrzymały wizy – przy czym pozwolono tylko na 5 takich transportów koleją transsyberyjską przy standardowej cenie biletu.
Sugihara i jego żona kontynuowali ręczne wypisywanie wiz (poświęcając na to od 18 do 20 godzin dziennie i wystawiając w ciągu każdego dnia miesięczną liczbę wiz) aż do 4 września, kiedy to dyplomata musiał udać się do Berlina z powodu zamknięcia konsulatu w Kownie po aneksji 3 sierpnia 1940 Litwy przez ZSRR w formie Litewskiej SRR. Dzięki jego postawie udało się wystawić tysiące wiz dla żydowskich rodzin, które mogły w całości ujść z wojennego piekła. Świadkowie twierdzą, że Sugihara wypisywał wizy (wyrzucając je przez okno osobom, które ich potrzebowały), nawet gdy był już w pociągu odjeżdżającym do Niemiec. Liczba osób przez niego uratowanych jest sporna – szacuje się ją na od 2139 do 10 000 (przy czym nie jest tu ujęta liczba tzw. wiz rodzinnych wystawianych na kilka osób). Dużą liczbę fałszywych wiz wystawił także polski wywiad.