Nowożytność W 1522 wieś przekazano diecezji chełmińskiej, od mieszczanina toruńskiego Bertolda Trosta. W 1570 roku część wsi należała do Krzysztofa Zegartowicza, później do Feliksa Rudnickiego, rodziny Szelińskich i Nieiweszyńskich. W 1614 roku Zegartowice liczyły 20 włók. Większe włoki należały do: Dyraya, Wacha, Kutery, Cierpiałki, Siodmaka. Pod wojny polsko-szwedzkiej Zegartowice mocno ucierpiały. Źródła historyczne podają, że ocalał tylko majątek Cierpiałki.
W 1772 roku ziemie zostały przekazane dla Prus. Rok później nastąpił pierwszy spis ludności. Wtedy miejscowość liczyła 65 osób (m.in. zarządcę folwarku Gomlińskiego, owczarza Albrecha Krzewskiego, chłopów danników Pawła Sobiechowskiego, Józefa Kamińskiego oraz Piotra Kujawę). Właścicielami wsi byli: Wincenty Sulerzycki (1800), Hans Richard Bremer (1872), ks. Bentheim (po I wojnie światowej), rodzina Wiirtz (1938-1946). W 1947 roku Zegartowice zostały upaństwowione.
W 1885 roku Zegartowice liczyły 270 hektarów powierzchni. We wsi znajdowało się 12 budynków mieszkalnych zamieszkanych przez 84 mieszkańców (51 katolików i 33 ewangelików).