Był również przewodniczącym Komisji Egzaminacyjnej Krajowej Izby Biegłych Rewidentów (1995–2009, następnie do 2013 jej wiceprzewodniczącym), a także w latach 1989–2003 przewodniczącym Rady Naukowej Stowarzyszenia Księgowych w Polsce (do którego należał od 1957) i od 2003 prezesem jego Zarządu Głównego oraz członkiem honorowym.
W 2003 wybrano go do rady nadzorczej Banku Gospodarki Żywnościowej jako reprezentanta Skarbu Państwa.
W późniejszym okresie życia mieszkał w Konstancinie-Jeziornie.
Zmarł w Warszawie 10 stycznia 2014. 8 dni później został pochowany na cmentarzu w Skolimowie.
thumb|Grób Zbigniewa Messnera na Cmentarzu w Skolimowie
Życie prywatne Żonaty z Ireną Messner z domu Laris-Domańską (1929–2012), poetką i pisarką poznaną w liceum w Gliwicach, z którą miał dwie córki – psycholożki Bożenę i LilianęNekrolog Ireny Messner na portalu nekrologi.net. [dostęp 2025-10-04]..
Nagrody i odznaczenia W 1986 został doktorem honoris causa Uniwersytetu Marcina Lutra w Halle i Wittenberdze. Otrzymał również nagrody resortowe I, II i III stopnia, a także m.in.