Jednak już w maju 1949 r. władze komunistyczne dokonały w Niepokalanowie rabunku maszyn, sprzętu i materiałów drukarskich, hamując tym samym dalszy rozwój wydawnictwa. Na klasztor nałożono bardzo wysokie podatki, a cenzura państwowa uniemożliwiła wydawanie Rycerza Niepokalanej przez następne 30 lat (1952-1981). Zrabowano zakonnikom gospodarstwo, zamknięto też niższe seminarium, konfiskując całe jego wyposażenie. Franciszkanie wielokrotnie stawali się ofiarami szykan bądź też ataków prasowych.
Jednym z nielicznych pozytywów w tych trudnych czasach była możliwość wybudowania świątyni w stylu modernistycznym (1948-1954). Służyła ona miejscowym wiernym jako kościół parafialny (parafię utworzono w czerwcu 1950 r.). Projekt budowy przygotował architekt Zygmunt Gawlik z Krakowa, uwzględniając częściowo zachowane fundamenty sprzed wojny. Dla zapewnienia ciągłości finansowania prac, Niepokalanów drukował okolicznościowe cegiełki wsparcia budowy. Znaczący wkład przy pracach wykończeniowych mieli sami zakonnicy niepokalanowscy (wykonanie rzeźb do kościoła, tabernakulum, metaloplastyka nastawy ołtarzowej, zegar wieżowy o pięciu tarczach, 14 stacji drogi krzyżowej). Pod prezbiterium bazyliki, w tzw. kaplicy dolnej, umieszczono Panoramę Tysiąclecia, powstałą dla upamiętnienia millenium chrztu Polski.