W 2000 roku wyznaczono go szefem Sztabu Korpusu Powietrzno-Zmechanizowanego w Krakowie, który w 2002 roku przeformowano na 2 Korpus Zmechanizowany. W 2003 roku został zastępcą dowódcy Wielonarodowej Dywizji Centrum-Południe, w ramach I zmiany Polskiego Kontyngentu Wojskowego w Iraku po II wojnie w Zatoce Perskiej. Po powrocie do Polski w 2004 roku był zastępcą dyrektora Centrum Szkolenia Sił Pokojowych NATO (ang. Joint Force Training Center) w Bydgoszczy. W 2005 roku ponownie przebywał w Iraku jako Szef Szkolenia Misji Szkoleniowej NATO (ang. NATO Training Mission – Iraq). Następnie był zastępcą dowódcy 2 Korpusu Zmechanizowanego. 15 sierpnia 2005 otrzymał awans na stopień generała dywizji..
Od 18 lipca 2006 roku do 24 stycznia 2007 roku dowodził Wielonarodową Dywizją Centrum-Południe podczas siódmej zmiany Polskiego Kontyngentu Wojskowego na misji stabilizacyjnej w Iraku. 20 kwietnia 2007 roku został wyznaczony na dowódcę Dowództwa Operacyjnego SZ. 3 maja 2007 roku prezydent Lech Kaczyński awansował gen. dyw. Bronisława Kwiatkowskiego na stopień wojskowy generała broni.. W związku z reorganizacją, w dniu 15 sierpnia 2007 roku objął stanowisko dowódcy operacyjnego Sił Zbrojnych. W 2009 został kanclerzem pierwszej kapituły Orderu Krzyża Wojskowego.