Pod względem fizyczno-geograficznym osiedle leży w obrębie makroregionu Pradolina Toruńsko-Eberswaldzka, w mezoregionie Kotlina Toruńska. Należy do mikroregionów: Terasa Bydgoska i Miasto Bydgoszcz. W środkowej i południowej części osiedla pod warstwą piasków dość płytko (do 4 m) zalegają iły trzeciorzędowe, odsłonięte w czasie erozji wód płynących, które zmyły powierzchniowe osady czwartorzędoweŚrodowisko przyrodnicze Bydgoszczy. Praca zbiorowa pod red. Józefa Banaszaka, Wydawnictwo Tanan. Bydgoszcz 1996.
Charakterystyka Podobnie jak wszystkie osiedla zachodniej i północno-zachodniej Bydgoszczy, Czyżkówko charakteryzuje się niską zabudową jedno, bądź kilkurodzinną. Część zabudowy pochodzi z okresu międzywojennego, a nawet z okresu dawniejszego. W północnej, wschodniej i południowej części osiedla występują enklawy zabudowy przemysłowej i komunalnej (Wodociągi Miejskie, biurowiec, Maktronik, drukarnia Express Media,.
Na terenie Czyżkówka, w pobliżu Brdy, występują zbocza teras rzecznych, lecz nie są one tak wyraźne i strome jak na sąsiednich Jachcicach. Większa część osiedla leży na wysokości 41–48 m n.p.m. Brda oddzielająca Czyżkówko od Jachcic ma charakter rzeki naturalnej, o czystej wodzie (II klasa).