W 1951 ze względu na brak poczynionych działań w kierunku remontu synagogi, decyzją Wojewódzkiej Rady Narodowej budynek został odebrany związkowi i przekazany na siedzibę Wojewódzkiego Archiwum Państwowego.

W latach 1953–1963 synagoga została ostatecznie gruntownie odrestaurowana. W 1959 usunięto ostatnie ślady polichromii. Obecnym właścicielem synagogi jest Gmina Wyznaniowa Żydowska w Krakowie, a dzierżawcą – archiwum, które nie udostępnia wnętrz zwiedzającym. Przy archiwum mieści się również Ośrodek Badań Historii Żydów, zajmujący się gromadzeniem, zabezpieczaniem, przechowywaniem i opracowywaniem materiałów archiwalnych o tematyce żydowskiej.

Na ścianie znajduje się – poświęcona pomordowanym Żydom podczas Holokaustu – tablica pamiątkowa z wersetem: „Bym mógł dniem i nocą opłakiwać zabitych, córy mojego ludu” (Jer. 8:23).