W 1999 powrócił do POW, a w 2001 wszedł w skład 1 Korpusu Zmechanizowanego.
15 lipca 2009 Ministerstwo Obrony Narodowej, w nawiązaniu do artykułu Polityczny wymarsz wojsk do Gołdapi, opublikowanego tego samego dnia na łamach „Rzeczpospolitej”, wydało komunikat, w którym ujawniło, że w ramach Programu rozwoju Sił Zbrojnych RP w latach 2007–2012 (wraz z aneksami) 13 pplot zostanie rozformowany, a części jego personelu i sprzętu wojskowego zasilą 15 pplot w Gołdapi.
W 2011 pierwszy dywizjon przeciwlotniczy został podporządkowany dowódcy 15 Gołdapskiego pułku przeciwlotniczego.
1 grudnia 2011 w Elblągu odbyła się ceremonia pożegnania sztandaru 13 pplot. Z dniem 31 grudnia 2011 Pułk został rozformowany.
Tradycje 13 dywizjon artylerii przeciwlotniczej 1950–1967 13 pułk artylerii przeciwlotniczej 1967–1992 13 Elbląski pułk przeciwlotniczy od 1992
Struktura bateria dowodzenia 1 dywizjon przeciwlotniczy 1 bateria startowa 2 bateria startowa 3 bateria startowa 4 bateria startowa 5 bateria startowa bateria techniczna 2 dywizjon przeciwlotniczy 1 bateria przeciwlotnicza 2 bateria przeciwlotnicza 3 bateria przeciwlotnicza kompania remontowa kompania zaopatrzenia kompania medyczna wojskowa straż pożarna