04.10.2000 r. na terenie 16 bdow odbyło się pożegnanie szefa sztabu generalnego WP gen. broni Henryka Szumskiego.
Decyzją nr 124/MON MON z dnia 25 czerwca 2001 r. dla podkreślenia więzi żołnierzy 16 Batalionu Dowodzenia ze społeczeństwem Elbląga i ziemi elbląskiej, na podstawie rozkazu nr 1 /MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 2 stycznia 1991 r. w sprawie dziedziczenia i kultywowania tradycji oręża polskiego (DZ. Rozk. MON poz. 1) Minister Obrony Narodowej polecił 16 Batalionowi Dowodzenia przyjąć nazwę wyróżniającą "Ziemi Elbląskiej".
W czerwcu 2001 r. dokonano zmian etatowych w jednostce. Batalion został wyposażony w sprzęt nowej generacji, który spełnia wymogi stawiane w strukturach natowskich.
W dniu 26 czerwca 2001 r. na terenie batalionu odbyło się przekazanie obowiązków dowódcy 16 Dywizji Zmechanizowanej przez gen. bryg. Waldemara Skrzypaczka. Obowiązki objął płk dypl. Lech Stefaniak.
W dniu 05.10.2001 r. jednostkę wizytował biskup polowy WP gen. dyw. Sławoj Leszek Głódź.
27 listopada 2001 r. do batalionu z uroczystą wizytą przybyła delegacja żołnierzy z Wielkiej Brytanii.
W dniach 01-15.02.2002 r. żołnierze 16 Batalionu Dowodzenia brali udział w ćwiczeniach międzynarodowych pk "Strong Resolve 2002", za które jednostka w opinii przełożonych została oceniona na ocenę dobrą.