Antypapież Jan wyznaczył komisję, której przewodniczył kardynał obediencji pizańskiej . Ponieważ komisja zwlekała z wydaniem wyroku, 14 kwietnia 1411 roku Zbyněk z Hasenburka polecił ogłosić obłożenie anatemą Husa we wszystkich kościołach w Pradze. Dodatkowo, aby zniechęcić prażan do kaznodziei, zakazał udzielać sakramentów. Wobec tego król postanowił zarekwirować kasę kościelną. Ze względu na to, że nowy król niemiecki Zygmunt Luksemburski pogodził się ze swoim przyrodnim bratem Wacławem IV, arcybiskup wycofał się z części oskarżeń i cofnął klątwę. Rok później została ogłoszona bulla, która pozwalała sprzedawać odpusty, celem zbiórki środków na wyprawę przeciwko królowi Neapolu Władysławowi I. Hus ostro skrytykował ten pomysł i zorganizował manifestację na uniwersytecie. Oprócz tego, kwestia odpustów pojawiała się także na kazaniach. Po pewnym incydencie, gdy trzech zwolenników Husa, Marcin, Staszek i Janek zostali skazani na śmierć, kaznodzieja udał się do ratusza i wziął całą winę na siebie, aby uchronić skazanych przed wyrokiem. Mimo próśb, młodzieńcy zostali uśmierceni. Wskutek tego opuścił Pragę i powrócił w sierpniu 1412 roku. Wkrótce potem antypapież Jan rzucił następną klątwę na Husa i zapowiedział, że w ciągu 20 dni ma się oczyścić, bo w przeciwnym razie w Pradze nie będzie się udzielać sakramentów.