Ponieważ w trakcie soboru dwóch papieży abdykowało Hus został więźniem cesarza. Zygmunt, pomimo nalegań ze strony czeskiej szlachty, oddał go pod władzę biskupa Konstancji. W międzyczasie powołano kolejną komisję do spraw zbadania nauk Wycliffe’a i Husa, w której zasiadali m.in.: Jan Gerson i Pierre d’Ailly. Tuż przed przesłuchaniem 5 czerwca 1415 roku, lektor Oldřich odkrył podpisany zawczasu wyrok na Husa. Dwa dni później odbyło się drugie przesłuchanie dotyczące transsubstancjacji, w którym Hus zdecydowanie odciął się od nauk Wycliffe’a. Ostatnie przesłuchanie odbyło się 8 czerwca, gdzie omawiano kwestię prymatu papieża i jego zwierzchności nad władzą świecką. Jan powtórzył swój pogląd, że to cesarz i królowie powinni mieć prawo do kontroli duchowieństwa. Komisja po naradzie przedstawiła dwa wyjścia: albo odwoła swoje tezy, albo zda się na wyrok soboru. Kaznodzieja postanowił bronić swoich przekonań, pomimo rad Zygmunta, by tego nie robił. 18 czerwca władze soboru przedstawiły mu ostateczne ultimatum, aby odwołał swoje tezy bądź poddał się karze. 1 lipca Hus przesłał odpowiedź odmowną. Cztery dni później sobór złagodził nieco stanowisko i nakazał odwołanie tylko części tez (pozostałe Hus uważał ze niesłusznie mu przypisane przez przeciwników), jednak Jan ponownie odmówił.