Legat zagroził ponadto interdyktem Filipowi Augustowi, jeśli ten nie wróci do swojej żony Ingeborgi Duńskiej. Król bowiem porzucił ją dla Agnieszki, córki księcia Meran. Gdy Filip odmówił dotrzymania przysięgi małżeńskiej papież w grudniu objął interdyktem całą Francję. Filip opierał się przez 9 miesięcy. W końcu gdy zaczęły się niepokoje wśród ludu i możnych, odesłał Agnieszkę. Interdykt został uchylony we wrześniu , jednak do ostatecznego pogodzenia się Ingeborgi z Filipem papież doprowadził dopiero w 13 lat później.
W pewnym momencie pojawiła się przed Innocentym okazja do umocnienia władzy papieskiej w Anglii. Po śmierci arcybiskupa Canterbury Huberta (1205), grupa młodych mnichów wybrała w tajemnicy jego następcę, Reginalda. Wyboru dokonano bez udziału biskupów i aprobaty króla. Reginalda poproszono, by nie ujawniał faktu wyboru, dopóki nie zostanie on zatwierdzony przez papieża. Jednak w drodze do Rzymu Reginald ogłosił się arcybiskupem elektem. Zaskoczeni biskupi wysłali do Wiecznego Miasta swojego przedstawiciela – Petera of Anglesham – który miał zaprotestować przeciwko niekanonicznemu wyborowi. Postępowanie Reginalda zaskoczyło również mnichów, którzy go wybrali. Wycofali oni swoje poparcie dla niego i 11 grudnia 1205 roku wybrali królewskiego kandydata Johna de Grey.