Tymczasem do Francji ponownie przybył Edward III. Nie wylądował jednak w Akwitanii, ale w nieprzygotowanej do wojny Normandii. Szybko zdobył miasta Caen i Poissy oraz spustoszył całą Normandię. Filip zebrał armię i ruszył za Edwardem, który cofnął się za Sommę. 26 sierpnia 1346 r. poniósł straszliwą klęskę pod Crécy, tracąc większość armii. Edward nie ruszył jednak na Paryż, rozpoczął natomiast oblężenie Calais. W lipcu 1347 r. Filip przybył miastu z odsieczą, ale Edward nie wydał bitwy. Filip odstąpił w sierpniu. Miasto skapitulowało niedługo później.
Ostatnie lata Klęska pod Crécy i utrata Calais spowodowała, że Stany Generalne odmówiły podatków na planowaną przez Filipa wyprawę do Anglii. W 1348 r. na wyniszczoną wojną Francję spadła kolejna klęska - epidemia czarnej śmierci, która zabiła 1/3 populacji. Wśród ofiar znalazła się królowa Joanna. Filip wkrótce ożenił się ponownie, z młodą i piękną Blanką d’Évreux, narzeczoną swojego syna Jana.
Będący dotąd okazem zdrowia król zmarł już rok po ślubie od, jak to ujął Michelet, nadużywania uciech cielesnych. Został pochowany w bazylice Saint-Denis w Paryżu. Jego wnętrzności zostały pochowane w paryskim klasztorze dominikanów, a serce w Bourgfontaine-en-Valois.