Poglądy Żeligowskiego zostały uznane za niebezpieczne i dlatego w 1851 roku skazano go na zesłanie w Pietrozawodsku. Chory Żeligowski cierpiał z powodu chłodnego klimatu i 1853 poprosił o przeniesienie do Orenburga. Po pozytywnym rozpatrzeniu prośby przeniesiono go jesienią 1853 do Orenburga, gdzie poznał wielu intelektualistów i zaprzyjaźnił się z Tarasem Szewczenką, z którym utrzymywał następnie korespondencję. W styczniu 1954 został przeniesiony do Ufy. W lecie 1854 po poleceniu go przez wicegubernatora Igora Baranowskiego został mianowany przez gubernatora I.M. Potulowa urzędnikiem niższego szczebla i pracował jako asystent Baranowskiego. Baranowski z jego pomocą podjął walkę z łapówkarstwem i przekupstwem urzędników. W związku z tym zatrudnieniem Żeligowski otrzymywał całkiem niezłe wynagrodzenie (215 rubli) i mógł opuszczać Ufę. W Ufie poznał też poetę i tłumacza M. Michajłowa, który w późniejszym okresie odegrał istotną rolę w ruchu wyzwoleńczym. W Ufie poznał tez swoją wielką miłość i przyszłą żonę Zofię Butkiewicz, pochodzącą ze starego rodu szlacheckiego. Połączyły ich takie same zapatrywania polityczne i ukochanie literatury I.M. Gvozdikova: «Он был настоящим украшением кружка изгнанников». O польском поэте Эдварде-Витольде Желиговском („Był prawdziwą ozdobą kręgu wygnańców”.