89–90..

Ciesząc się przyjaźnią i zaufaniem Józefa Piłsudskiego, od października 1920 dowodził 1 Dywizją Litewsko-Białoruską. Na jej czele w 1920 zajął Wilno (tzw. Bunt Żeligowskiego) i utworzył Litwę Środkową jako samodzielne i niezależne od Polski państwo. Na czas tej operacji „wypowiedział posłuszeństwo” Naczelnemu Wodzowi. W rzeczywistości była to akcja, której pomysłodawcą był Józef Piłsudski i miała na celu realizację planów federacyjnych, choć rezultatem było przyłączenie Wilna do Polski poprzez stan pośredni. W ówczesnej skomplikowanej sytuacji politycznej państwu polskiemu oficjalne działania zbrojne były bardzo nie na rękę.

9 października 1920, jako Naczelny dowódca Wojsk Litwy Środkowej, był głównym sygnatariuszem odezwy „Do ludności Litwy Środkowej”, którą podpisali członkowie powołanej przez niego 12 października 1920 Tymczasowej Komisji Rządzącej

W październiku 1920 Żeligowski otrzymał Honorowe Obywatelstwo miasta stołecznego Warszawy.