W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793, miejscowość przeszła w posiadanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815-1848) miejscowość wzmiankowana jako Kobelniki należała do wsi większych w ówczesnym powiecie Kosten rejencji poznańskiej. Kobelniki należały do okręgu kościańskiego tego powiatu i stanowiły siedzibę majątku Kobelniki, który należał wówczas do Władysława Kwileckiego. Według spisu urzędowego z 1837 roku Kobelniki liczyły 181 mieszkańców, którzy zamieszkiwali 19 dymów (domostw).
Pod koniec XIX wieku liczyła 8 gospodarstw i 78 mieszkańców, wszyscy wyznania rzymskokatolickiego. W latach 1975–1998 miejscowość należała administracyjnie do województwa leszczyńskiego.
W Kobylnikach znajduje się zabytkowy dwór z końca XVIII wieku. Status zabytku mają także otaczający go park krajobrazowy z pomnikowymi drzewami oraz zabudowania towarzyszące: oficyna w stylu późnoklasycystycznym, dom ogrodnika i budynki folwarczne.
Przez wieś przebiega żółty szlak pieszy z Kościana do Śmigla.