W 1792 r. wydano uniwersał, na mocy którego cmentarze zostały usunięte z terenu wszystkich miast, zakazano grzebania zmarłych w kościołach i nakazano zakładanie nowych, poza miastami. Na terenie zaboru pruskiego, rząd zaborczy powtórzył nakazy identycznej treści. Na konarskim cmentarzu grzebalnym najstarszy zachowany grób – Minasowicz z 1810.
W 1797 r. Prusacy ubiegli papieża i powołali diecezję w Warszawie a parafia Konary przestała podlegać pod diecezję poznańską.
W 1806 r. ksiądz Grzegorz Chmielewski odrestaurował kościół w Konarach. Dzwonnicę postawiono w 1807 r.
W 1868 r. parafia Konary liczyła 1150 dusz, należała do dekanatu grójeckiego. Kościół drewniany pw. św. Trójcy.
W 1869 r. w Konarach ksiądz Stanisław Mioduszewski wyremontował kościół z gruntu (całkowicie od podstaw) pod kierunkiem budowniczego Wincentego Wolfke.
Od 1909 do 1922 r. proboszczem w Konarach był ks. Edward Kawiński (1881-1963), później w Górze Kalwarii, który w 1938 r. przeszedł do kolegiaty łowickiej. Od roku 1922 do 1936 proboszczem w Konarach był ks. Piotr Zajkowski