11 listopada 1918 Polska odzyskała niepodległość, a Lipniki zaraz po jej odzyskaniu znalazły się w granicach II Rzeczypospolitej.
W II RP nastąpił dynamiczny rozwój Lipnik kontynuowany w PRL. W 1921 było tu 209 budynków mieszkalnych. Według Powszechnego Spisu Ludności z 1921 roku zamieszkiwało tu 1170 osób, z których 1144 było wyznania rzymskokatolickiego, 2 greckokatolickiego, a 24 mojżeszowego. Jednocześnie 1166 mieszkańców zadeklarowało polską przynależność narodową, 2 żydowską, a 2 rusińską. W Lipnikach powstały dwa sklepy spożywcze i piekarnia.
Kolejne informacje o lipnickiej szkoły pochodzą z lat 1925–1931. Kierownikiem szkoły był Jan Lech.
W wyniku agresji Niemiec we wrześniu 1939 miejscowość została przyłączona do III Rzeszy i znalazła się w strukturach Landkreis Scharfenwiese (ostrołęcki) w rejencji ciechanowskiej (Regierungsbezirk Zichenau) Prus Wschodnich. W kampanii wrześniowej zginęło pięciu mieszkańców wsi. Po wybuchu II wojny światowej w 1939 ludność zaczęła opuszczać Lipniki. Wszyscy Żydzi lipniccy porzucali swoje posiadłości i uciekali przed wojskami niemieckimi. Praktycznie wszyscy „cudzoziemcy lipniccy” opuścili Lipniki, z wyjątkiem niektórych Niemców i Rosjan. Utworzono lokalną komórkę Armii Krajowej. Pomagali ludności cywilnej, szykowali pułapki i zasadzki.