Na wyspie Zaraz po katastrofie John stwierdza, że jest w pełni sprawny. Pierwszym przyjacielem jakiego poznaje jest Walt. Odnajduje jego psa w dżungli, jednak nie zyskuje sympatii jego ojca Michaela. Później staje na czele grupki, która wyrusza na polowanie na dziki. Tam prawdopodobnie staje oko w oko z „potworem”. Wszyscy myślą, że zginął, ale on powraca z dzikiem. Od początku wszyscy odnoszą się do niego z nieufnością. On jednak zawsze chce pomagać. Staje się tak podczas poszukiwań Claire i Charliego.
W trakcie wędrówki z Boonem natrafia na właz. Nie mogą go jednak otworzyć żadnym sposobem. Locke ma wizję, w której widzi rozbijający się w dżungli samolot i zakrwawionego Boone’a. Gdy mężczyźni odnajdują samolot, młodszy wspina się na drzewa, na których utknęła maszyna, i spada razem z nią. Locke zabiera przyjaciela i przynosi go do jaskini, gdzie niestety Boone umiera. Shannon chcąc się zemścić omal nie zabija Johna. Ratuje go Sayid, który następnie zostaje zaprowadzony do samolotu, a potem do włazu przez Locke’a. W obozie pojawia się Francuzka Danielle Rousseau, która informuje, że właz można otworzyć dynamitem, który jest w „Czarnej Skale” – statek, który rozbił się kiedyś na tej wyspie. Po dynamit idzie między innymi Locke.