22 listopada 2005 lider rebeliantów, Prachanda i Sojusz 7 Partii (koalicja tworząca rząd po wyborach w 1999) zawarli „12-punktowe porozumienie”. Przedstawiało ono zbieżne postulaty obu grup. Zadeklarowano, iż główną przeszkodą w rozwoju Nepalu jest monarchia i król Gyanendra Bir Bikram Shah Dev. Maoiści zobowiązali się do poszanowania wolności prasy, praw człowieka i demokracji parlamentarnej. Od czasu rozpoczęcia wojny domowej zawieszenia broni zawierane były kilkakrotnie. 26 kwietnia 2006 Prachanda ogłosił 90-dniowe zawieszenie broni ze strony rebeliantów. Parlament i nowy rząd Giriji Prasad Koirali poparli ten krok i rozpoczął negocjacje z maoistami, mając za podstawę porozumienie z 2005. Prachanda spotkał się z premierem Koiralą 16 czerwca 2006 i była to jego pierwsza wizyta w Katmandu od ponad dekady. Rozmowy przyniosły ostateczne porozumienie pokojowe, podpisane 21 listopada 2006, które kończyło trwającą kilka lat wojnę domową. Na mocy porozumienia w Nepalu miała zostać przyjęta nowa tymczasowa konstytucja, maoiści mieli wejść w skład rządu oraz rozwiązać swoje bojówki wojskowe, a 20 czerwca 2007 miały odbyć się demokratyczne wybory. Wybory zostały ostatecznie przeniesione na kwiecień 2008.