1 stycznia 1999 na skutek reformy administracyjnej Radio Gdańsk zaczęło nadawanie dla województwa pomorskiego oraz Elbląga. 30 czerwca 2000 oddano do użytku nowy budynek studia Radia Gdańsk. Oba budynki zostały połączone łącznikiem. W październiku 2002 radio kupiło pierwszy wóz reporterski umożliwiający transmisję satelitarną. 18 stycznia 2003 w Gdańsku powstało pierwsze w Polsce studio do nagrywania dźwięku dookólnego. Pierwszy koncert został zarejestrowany w kwietniu. W październiku 2004 Radio Gdańsk jako pierwsza rozgłośnia w Polsce zmodernizowała wóz transmisyjny do technologii Dolby Surround.
1 lutego 2019, po raz pierwszy w swojej historii, poza programem regionalnym dla województwa pomorskiego, Radio Gdańsk rozpoczęło emisję programu lokalnego, poprzez rozszczepienie sygnału w Słupsku na częstotliwości 102 MHz.
W 2020 radio odnotowało zysk w wysokości ponad pół miliona złotych, wobec 2,4 mln zł straty w 2019. Łączne wpływy spółki wyniosły 21,35 mln zł, z czego sprzedaż reklam wyniosła 4,25 mln zł, wpływy z abonamentu RTV 9,93 mln zł i blisko 8 mln zł z rekompensaty niskich wpływów z abonamentuRadio Gdańsk z dopłatą 17,8 mln zł z publicznej kasy.