Transformata DCT jest teoretycznie odwracalna, więc jedyna strata danych to drobne różnice wynikające z użycia zaokrągleń. Różnicowa reprezentacja współczynników DC (DPCM). Kwantyzacja, czyli zastąpienie danych zmiennoprzecinkowych przez liczby całkowite. To właśnie tutaj występują straty danych. Zależnie od parametrów kompresora, odrzuca się mniej lub więcej danych. Zasadniczo większa dokładność jest stosowana do danych dotyczących niskich częstotliwości niż wysokich. współczynniki AC są uporządkowywane zygzakowato, aby zera leżały obok siebie. współczynniki niezerowe są kompresowane kodowaniem entropijnym, zazwyczaj algorytmem Huffmana (standard JPEG pozwala też na użycie kodowania arytmetycznego). Kod Huffmana stosowany w formacie JPEG ma specjalne symbole dla ciągów zer i końca niezerowych współczynników (, ).
Użyta transformata powoduje efekty blokowe w przypadku mocno skompresowanych obrazków.
Wielką innowacją algorytmu JPEG była możliwość kontroli stopnia kompresji w jej trakcie, co umożliwia dobranie jego stopnia do danego obrazka, tak aby uzyskać jak najmniejszy plik, ale o zadowalającej jakości.