W mieście nie istnieje problem zanieczyszczenia przemysłowego. Większość zanieczyszczeń to spaliny samochodowe i śmieci komunalne. Prawo budowlane nakłada wymóg, by wszystkie budynki w Jerozolimie były pokryte naturalnym kamieniem. Podnosi to koszty budownictwa, jednak nadaje miastu charakterystyczny wygląd, odmienny od innych miast Izraela. Jedynie budynki wzniesione w latach 50. XX wieku odbiegają od tego wyglądu. Dzielnice położone w głębokich dolinach są naturalnymi obszarami zieleni. Na zachód od miasta rozciąga się obszar leśny. Przy głównych drogach założono parki. Wokół Starego Miasta wybudowano promenady.
Klimat Jerozolima ma klimat śródziemnomorski, który charakteryzuje się gorącymi i bezdeszczowymi latami oraz chłodnymi i deszczowymi zimami (Internet Archive).. W prawie każdą zimę występują opady śniegu. Najzimniejszym miesiącem jest styczeń, ze średnią temperaturą maksymalną 12 °C w ciągu dnia i z minimalną średnią temperaturą 6 °C w nocy. Najbardziej upalnymi miesiącami są lipiec i sierpień. Występuje duża różnica pomiędzy temperaturą dnia i nocy, w Jerozolimie zazwyczaj wieczory są chłodne nawet latem. Największe opady deszczu występują pomiędzy październikiem a majem. Suma rocznych opadów atmosferycznych wynosi 500–600 mm.