Losy powojenne Po ucieczce z Auschwitz-Birkenau, Mengele pracował od 18 stycznia 1945 w obozie Gross Rosen i jego filiach na Dolnym Śląsku. Podobnie jak w Auschwitz przeprowadzał selekcje. W AL Kleinschoenau (filia Gross Rosen) kazał założyć w marcu 1945 izbę porodową dla więźniarek.
Gdy zbliżał się koniec wojny, Mengele zamienił mundur SS na mundur zwykłego niemieckiego żołnierza. Został schwytany i umieszczony w amerykańskim obozie jenieckim pod Monachium. W przeciwieństwie jednak do ogółu członków SS i Waffen-SS nie posiadał tatuażu z grupą krwi po wewnętrznej stronie lewego ramienia, ok. 20 cm nad łokciem. Mengele w 1938 przekonał SS, że kompetentny chirurg w razie transfuzji i tak będzie wykonywać próbę krzyżową bez polegania wyłącznie na tatuażu. Jego żona twierdziła, że prawdziwym powodem była narcystyczna natura Mengelego: „[Mengele] miał zwyczaj prężenia się przed wysokim lustrem i podziwiania gładkości własnej skóry […] nie chciał na niej żadnych znaków”. Brak tatuażu uchronił go od automatycznego aresztowania. thumb|Włoski paszport używany przez Mengele, aby uciec do Argentyny w 1949 roku. W całej Europie rozpoczęły się zakrojone na dużą skalę poszukiwania Mengelego, a mimo to udało mu się uniknąć wykrycia przez cztery lata.