W 1984 Polski Narodowy Kościół Katolicki zaczął dialog z Kościołem rzymskokatolickim w celu pokonania wzajemnej niechęci pomiędzy dwoma Kościołami i działanie z poszanowaniem dla każdego z nich.
Historia Kościoła po 1989 roku W 1998 PNKK wydał wytyczne do przyjmowania sakramentów w Kościele Rzymskokatolickim przez członków PNKK. W 2003 na skutek wzmiankowanego sporu wokół ordynacji kobiet PNKK opuścił Unię Utrechcką Kościołów Starokatolickich wraz z Kościołem Starokatolickim na Słowacji.
W 2006 grupa chrześcijan z Norwegii, która wystąpiła z Ewangelicko-Luterańskiego Kościoła Norwegii, utworzyła własny Nordycki Kościół Katolicki (DNKK), który znalazł się pod opieką PNKK. 25 lipca 2011 bp Antoni Mikovsky ordynował Roalda Flemestada na pierwszego biskupa DNKK.
6 października 2006 Ministerstwo Spraw Wewnętrznych i Administracji zarejestrowało wspólnotę wyznaniową: Polski Narodowy Katolicki Kościół w RP. Na początku, PNKK sprzeciwił się jednoznacznie używania nazwy, która sugeruje jakiekolwiek związki opisywanej wspólnoty z ich Kościołem, mimo to w Polskim Narodowym Kościele Katolickim w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie istniała licząca się grupa duchownych (min. ks.