U władzy pozostała Socjalistyczna Partia Jedności Niemiec, która wkrótce rozpoczęła ogólną nagonkę na prowokatorów i prowodyrów. Aresztowano około 1600 osób, które skazano na wysokie kary pozbawienia wolności. Na śmierć skazano mieszkańca Magdeburga za zastrzelenie strażnika więziennego.
Skutki thumb|Uczczenie pamięci ofiar powstania w Brunszwiku (Niemcy Zachodnie) Powstanie czerwcowe zakończyło się całkowitą klęską i śmiercią (według szacunków zachodnioniemieckich z 1966 roku) ponad trzystu osób. SED umocniło się przy władzy. Niemniej jednak było to pierwsze tak poważne wystąpienie klasy robotniczej i ludu w ogóle przeciwko rządowi w bloku wschodnim, za którego przykładem poszli trzy lata później Polacy i Węgrzy.
Zamieszki przyczyniły się do liberalizacji kierunku wyznaczonego przez partię. Po tych wydarzeniach z partii wykluczony został dotychczasowy szef Ministerstwa Bezpieczeństwa Państwowego – Wilhelm Zaisser.