W miejscowości znajdują się zabytkowe zabudowania z przełomu XIX. i XX. wieku, w tym dawne budynki dworów i szkoły, stara gorzelnia oraz zabytkowy cmentarz ewangelicki.
Historia Wilkowyja była wsią rycerską, własnością rodu Junoszy, a jej historia jest bezpośrednio związana z pobliską Polską Wsią. Pierwsza wzmianka o miejscowości pochodzi z 1580 roku i dotyczy opłacania dziesięciny do Kłecka. Prawdopodobnie jednak osada istniała w tym miejscu dużo wcześniej, gdyż jest wymieniana jako jedna z osad służebnych kłeckiego grodziska, a na jej terenie podczas badań archeologicznych odnaleziono ślady osadnictwa z czasów mezolitu, neolitu, kultury przeworskiej lub wielbarskiej oraz grób ciałopalny z zachowanymi fragmentami kości, ceramiki i biżuterii. 30 września 1761 roku na wzgórzu Kuś, odzielającym Wilkowyję od Gorzuchowa odbył się jeden z ostatnich na ziemiach polskich procesów o czary, w wyniku którego spalono na stosie 10 kobiet – zielarek pochodzących z Gorzuchowa, z których najmłodsza miała niespełna trzynaście lat. W 1773 roku sejm wyznaczył komisję do wytyczenia granic miejscowości z sąsiednimi wsiami. W 1793 r. jej dziedzicem był Mikołaj Węsierski. W XIX wieku wieś była własnością rodziny Chełmickich, a następnie Ruphoffów.