Wizytacja biskupa krakowskiego Bernarda Maciejowskiego w roku 1603 stwierdziła zły stan drewnianego kościoła.
W roku 1625 Wojciech Głuski, właściciel Wilkowa, ufundował nowy murowany kościół, został on konsekrowany w 1638 r. przez biskupa Tomasza Oborskiego. Istniała przy nim szkoła parafialna i przytułek dla pięciu ubogich. W roku 1723 z fundacji Michała i Franciszka Polanowskich dobudowano kaplicę Różańcową od strony północnej. Po pożarze kościoła i zabudowań plebańskich w 1740 r., w 1774 r. wzniesiono nową plebanię, zaś kościół odbudowano i ponownie konsekrowano w 1781 r. Powodzie od zawsze trapiły Wilków. Jeden z większych wylewów Wisły nastąpił w 1833 r. Zniszczył on również kościół. Skalę zagrożenia częstymi powodziami obrazuje relacja ks. Boniewskiego z pobytu w Wilkowie, około 1845 r.: „tu widziałem u każdego z mieszkańców tej wsi czółno obszerne wyrobione, które w czasie wylewu Wisły zabiera się każdy z familią i upływa na najbliższy pagórek jaki znaleźć może. Wiele bydła staje się często pastwą rozhukanej fali, która w swych wnętrznościach wszystko zatapia”. Częste powodzie wymagały nieustannych napraw kościoła i budynków plebańskich, przez co pozostawały one długo w złym stanie. W roku 1848 budynki parafialne uległy całkowitemu zniszczeniu, wobec czego proboszcz zamierzał opuścić parafię.