na czele stał podskarbi, Departament Sprawiedliwości – nadzorował system sądowy, dbał o egzekucję wyroków, zajmował się wykładnią prawa i rozpatrywał skargi na korupcję sędziów; na czele stał kanclerz, Departament Wojskowy – od 1776, gdy skasowano Komisję Wojskową Koronną i Komisję Wojskową Wielkiego Księstwa Litewskiego przejął bezpośrednią kontrolę nad wojskami Rzeczypospolitej, odpowiadał za modernizację armii; na czele stał hetman, Departament Policji, czyli Dobrego Porządku – nadzorował miasta królewskie, współpracował z komisjami dobrego porządku, zajmował się sprawami służby zdrowia i komisji szpitalnych, na czele stał marszałek.
Kontrola działalności Rady Rada Nieustająca, jej departamenty oraz komisje wielkie i Komisja Edukacji Narodowej podlegały kontroli sejmowej. Powoływane przez Sejm deputacje sejmowe miały zadanie sprawdzenia ich rachunków i budżetu, po czym składały przed Sejmem sprawozdanie. Sejm natomiast mógł na podstawie sprawozdań pociągnąć przedstawicieli tych organów administracji do odpowiedzialności karnej przed Sądem Sejmowym.