W holu głównym, któremu przywrócony został historyczny wygląd, kolorystyka i oświetlenie – w tym malowidła i herby na ścianach, boazerie, sufity i posadzki, a także secesyjne witraże (zniszczone w większości w 1945; Polacy w ich miejsce w półrozecie frontowej nad wejściem głównym zainstalowali grafikę przedstawiającą okręt z godłem Polski na żaglu, a podczas modernizacji w latach 60. wstawili zwykłe szyby). Zrekonstruowane zostały również drewniane witryny kas i punktów usługowych wraz z gzymsami i detalami. Sam budynek został dostosowany do potrzeb osób niepełnosprawnychEwa Karendys Tak będzie wyglądał przebudowany dworzec PKP w Gdańsku Głównym, trojmiasto.wyborcza.pl 03.02.2017 [dostęp 2017-02-20].. Ujednolicona została również nawierzchnia przed placem dworcowym; zrezygnowano przy tym z koncepcji realizacji odkrytego pasażu handlowego pomiędzy budynkiem dworca a ulicą. Zamiast niego równolegle do budynku dworca zrealizowany został tunel łączący obydwa istniejące wcześniej tunele dworcowe. Szacowane koszty przebudowy części należącej do PKP S.A. wynosiły pierwotnie około 50 mln zł, a czas realizacji – około 18 miesięcy.