Gdy chciał wrócić, nastroje Egipcjan pomimo zwycięstwa nie były mu przychylne, więc uciekł na pustynię do miasta Madiane (zob. Madianici). Tam uratował napadnięte przez pasterzy córki Raguela, za co otrzymał stada i Saforę (jedną z córek Raguela) za żonę. Miał z nią potem dwóch synów, Gersa i Elezara. Prowadził życie pasterza, aż pewnego dnia udał się do nieuczęszczanego przez innych miejsca na górze Synaj. Tam w postaci krzaka, który płonął, lecz się nie spalał, ukazał mu się Bóg. Nakazał on Mojżeszowi wracać do Egiptu i przeprowadzić lud Izraela przez pustynię do Ziemi Obiecanej. Wtedy też Bóg objawił Mojżeszowi swoje imię. Mojżesz udał się do Egiptu i cudami przekonał swój naród, że przysłał go Bóg. Faraon, nie chciał jednak słyszeć o wypuszczeniu Izraelitów z Egiptu i sprowadził na siebie gniew Boga Izraelitów w postaci Plag (między innymi spowodowanie przez Boga Izraelitów śmierci najstarszych synów we wszystkich rodzinach Egipcjan – Wj 11,5), które spadły na Egipt. Mojżesz przed ucieczką Żydów z Egiptu kazał Żydówkom ograbić podstępem Egipcjanki ze złota i srebra: „Każda bowiem kobieta pożyczy od swojej sąsiadki i od pani domu swego srebrnych i złotych naczyń oraz szat. Nałożycie to na synów i córki wasze i złupicie Egipcjan” (Wj 3, 22).