W 1793 roku Ludwik XVI i Maria Antonina zostali ścięci na gilotynie, natomiast Jardin des Plantes, z minimalnym udziałem Lamarcka, przekształcono w Musée National d’Histoire Naturelle – Muzeum Narodowe Historii Naturalnej. Muzeum miało być prowadzone przez 12 profesorów różnych dziedzin. Mimo że teoretycznie wszyscy profesorowie Muzeum byli równi rangą, katedra, jaka przypadła Lamarckowi była najmniej prestiżowa, a zarazem najmniej płatna. Była to mianowicie katedra Historii naturalnej Insektów i Robaków (ogólnie – bezkręgowców i tytuł professeur d’Histoire naturelle des Insectes et des Vers), dziedzina o której na dodatek nie miał większego pojęcia. Dla usprawiedliwienia uczonego trzeba dodać, że do czasów Linneusza niewielu biologów uważało bezkręgowce za temat godny badań naukowych. Zbiór bezkręgowców w Muzeum był znaczny i stale się powiększał, ale był źle zorganizowany i sklasyfikowany. Lamarck dostrzegł przed sobą ogromne możliwości prowadzenia nowych badań naukowych, zwłaszcza w systematyce. Często zajmował się porównywaniem stopnia komplikacji poszczególnych układów wewnętrznych obserwowanych zwierząt.