Nie przyznawała się do zarzucanych jej czynów.
Ostatnie lata W styczniu 2002 posłowie Samoobrony RP oraz Ligi Polskich Rodzin złożyli projekt uchwały Sejmu w sprawie ścigania przebywających za granicą funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa, Informacji Wojskowej, stalinowskiego sądownictwa i prokuratury za zbrodnie popełnione w latach 1944–1956, w uzasadnieniu którego wyrażono postulat pociągnięcia do odpowiedzialności m.in. Heleny Wolińskiej. Wojskowe Biuro Emerytalne zaprzestało od stycznia 2006 wypłacania emerytury specjalnej (ok. 1500 zł). Powołało się na formalne uchybienia popełnione przy jej przyznaniu – brak odpowiedniego stażu w LWP – nie 15 wymaganych lat, a 14 lat, jeden miesiąc i 25 dni.
W 2007 prokurator IPN wystąpił z wnioskiem o wydanie europejskiego nakazu aresztowania (ENA) wobec przebywającej w Wielkiej Brytanii Heleny Wolińskiej. 20 listopada 2007 Wojskowy Sąd Okręgowy w Warszawie na wniosek prokuratora IPN wydał taki nakaz.
Helena Wolińska postanowienie polskiego sądu określiła w wywiadzie dla brytyjskiego „The Guardian” jako „cyrk”Wolińska dla „Guardiana”: Jestem kozłem ofiarnym..