Metody badawcze wykorzystujące właściwości kompleksu awidyna-biotyna: Metoda izotopowych rozcieńczeń Metoda ICAT (Isotope-Coded Affinity Tags) Metody immunoenzymatyczne: ABC (Avidin-Biotin Complex) LAB (Labelled Avidin-Biotin)
Zmodyfikowane formy awidyny Jako glikoproteina o charakterze zasadowym awidyna może być wykorzystana do ukazania pewnych niespecyficznych oddziaływań w określonych warunkach środowiska. Neutrawidyna, deglikozylowana forma awidyny ze zmodyfikowanymi resztami argininy, wykazuje bardziej neutralną wartość pI. Jest ona wykorzystywana jako alternatywa awidyny, w przypadkach gdy występują problemy z oddziaływaniami niespecyficznymi. Deglikozylowana neutralna forma awidyny jest dostępna handlowo.
Ze względu na wyjątkowo dużą siłę wiązania awidyna-biotyna, dysocjacja powstałego kompleksu wymaga ekstremalnych warunków, które prowadzą również do denaturacji proteiny. Nieodwracalna natura kompleksu awidyna-biotyna może powodować pewne ograniczenia w zastosowaniu tego układu w chromatografii powinowactwa, w której uwalnianie wychwyconego ligandu jest cechą bardzo pożądaną. Naukowcom udało się stworzyć pochodną awidyny o zmniejszonym powinowactwie do biotyny. Uzyskano to przez modyfikację reszty tyrozyny (nitrowanie lub jodowanie) położonej w miejscu aktywnym.