Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (2 maja 1923) Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (29 grudnia 1921)M.P. z 1921 r. nr 298, poz. 353 - członkowi Kapituły orderu „Odrodzenia Polski”. Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski (13 lipca 1921) „za wybitne zasługi, położone dla Rzeczypospolitej Polskiej na polu nauki i pracy obywatelskiej” - jako jeden z pierwszych 15 osób odznaczonych Orderem Odrodzenia Polski. Złoty Krzyż Zasługi po raz pierwszy (11 listopada 1936) „za wybitne zasługi na polu nauki i wychowywania młodzieży w duchu patriotycznym położone w latach 1905–1918”. Złoty Krzyż Zasługi po raz drugi (30 kwietnia 1938) „za zasługi na polu pracy społecznej w dziedzinie polskiego rybołówstwa morskiego”.
Upamiętnienie Imieniem Michała Siedleckiego nazwano statki badawcze Morskiego Instytutu Rybackiego: „Michał Siedlecki” – kuter naukowo-badawczy (w służbie 1948–1956, brytyjskiego typu kutrów rybackich MFV-75, otrzymany w ramach UNRRA, późniejszy kuter GDY 119), „Michał Siedlecki II” – kuter badawczy (w służbie od 1956, typu B-25), „Profesor Siedlecki” – oceaniczny statek badawczy (w służbie 1972–1991).