W okresie lęgowym najczęściej spotykane są: w centrum miasta: wróbel, gołębie, sierpówka, jerzyk, kopciuszek, szpak, kawka; w parkach i skwerach, ogrodach: wróbel, mazurek, sikora, zięba, muchołówka, piegża, kulczyk, pleszka, szpak, kowalik, pełzacz, modraszka, sroka, gawron, dzwoniec; w środowiskach wodnych (np. Brda, oczka wodne): łabędź niemy, kaczka krzyżówka, mewa śmieszka, pliszka siwa, łyska, kokoszka wodna, nurogęś; w środowiskach leśnych (np. Puszcza Bydgoska, Las Gdański, Myślęcinek itp): zięba, rudzik, kapturka, drozd śpiewak, kos zwyczajny, kowalik, pełzacz ogrodowy, bogatka zwyczajna, sosnówka, dzięcioły, piecuszek. Do miejsc szczególnej koncentracji ptaków należą przede wszystkim: tzw. „ptasia wyspa” o powierzchni 1 ha w Leśnym Parku Kultury i Wypoczynku, śródmiejski odcinek Brdy oraz Wisła. Na wyspie stawu myślęcińskiego od 1998 r. do lęgów przystępuje rocznie 1700 par mewy śmieszki, które odchowują 3 tys. piskląt. Teren ten zamieszkuje też rzadka rybitwa rzeczna. Brda jest rejonem dużej koncentracji zimowej kaczki krzyżówki (do 3 tys. osobników) oraz łabędzia niemego. Pierwsze osobniki notowano w latach 70. XX w., dzisiaj regularnie spędza tu zimę ok. 500 łabędzi.