Po nacjonalizacji aptek w 1951 Pankiewicz był mianowany kierownikiem we własnej aptece i pełnił tę funkcję do 31 grudnia 1953 (pracę rozpoczynała tam inna Sprawiedliwa – Maria Nowak). Kiedy zorientował się, że pozostał na stanowisku kierownika własnej apteki jako jedyny dawny właściciel, poprosił o przeniesienie do innej apteki. Objął kierownictwo Apteki Społecznej nr 28 przy al. 29 Listopada 17, w sąsiedztwie cmentarza Rakowickiego. W tej aptece pracował aż do przejścia na emeryturę w 1974. Od 1948 do 8 stycznia 1951 pełnił funkcję I wiceprezesa Okręgowej Izby Aptekarskiej w Krakowie.
W latach 70. i 80. XX w. był stałym i znanym gościem kawiarni „Pod Pawiem” przy ul. Grodzkiej 43 w Krakowie. Tam spotykał się z przyjaciółmi oraz z tymi, którzy pragnęli z nim porozmawiać.
22 kwietnia 1983 w jego dawnej aptece otwarto Muzeum Pamięci Narodowej, które dziś jest oddziałem Muzeum Historycznego Miasta Krakowa. Pankiewicz uczestniczył w uroczystości otwarcia, później wielokrotnie przychodził tutaj ze swoimi gośćmi z zagranicy.
Uhonorowania i wyrazy uznania Pankiewicz przyjmował z dystansem: „To co ja robiłem, każdy przyzwoity człowiek powinien zrobić. Ja nie robię z tego żadnego bohaterstwa. To był mój święty obowiązek. To oni zrobili z tego legendę, która mi się nie należy”.