Kaim 28 listopada 1942.
II wojna światowa thumb|240px|Apteka pod Orłem w Krakowie thumb|240px|Tablica pamiątkowa thumb|240px|Grób Tadeusza Pankiewicza na cmentarzu Rakowickim w Krakowie W pierwszych dniach wojny Tadeusz Pankiewicz wraz ze swoim współpracownikiem wyjechał z Krakowa do Lwowa. Do Krakowa powrócił 6 listopada 1939. 9 listopada został aresztowany w kawiarni Pod Gruszką podczas Zweite Sonderaktion Krakau i osadzony w więzieniu przy ul. Montelupich. Po zwolnieniu 5 grudnia 1939, powrócił do pracy w aptece.
W latach 1941–1943 za zgodą władz niemieckich prowadził działalność we własnej aptece Pod Orłem w getcie krakowskim. Bezpośrednio po utworzeniu getta, 3 marca 1941, urzędnicy niemieccy zaproponowali Pankiewiczowi w zamian za pozostawioną aptekę w getcie zarząd nad apteką pożydowską w centrum Krakowa. Pankiewicz nie przyjął propozycji i zaczął starania o prowadzenie własnej apteki w getcie. Kierownik niemieckiej Izby Aptekarskiej w Krakowie (Pharmazierat) Stahl, w obawie przed wybuchem epidemii, pozytywnie zaopiniował prośbę Pankiewicza.