Natomiast sytuacja kmieci, stosunkowo dobra na początku stulecia, pogarszała się stopniowo, wskutek narastających obciążeń pańszczyźnianych. Rosła nędza chłopów, jej wyznacznikiem były kurne chaty z drewna, chrustu i gliny, kryte słomą, oraz legowiska do spania na zapiecku. Toteż liczni chłopi uciekali z pańszczyźnianych wsi i osiedlali się w Karpatach, borach mazowieckich, a potem głównie na Ukrainie. Tam przyłączali się do buntów, wzniecanych przez Kozaków przeciwko dworom szlacheckim i magnackim.
Za panowania Zygmunta I Starego dotarły również do Rzeczypospolitej reformatorskie nauki Marcina Lutra i Jana Kalwina z zachodniej Europy. Już w latach dwudziestych luteranizm przyjęty został w Gdańsku, a kalwinizm stał się od połowy XVI w. popularny w kręgach szlachty w Małopolsce i na Litwie. Jednym z odłamów tego wyznania byli bracia polscy, których potocznie nazywano „arianami”. Ich głównym ośrodkiem religijno-społecznym do 1638 r. było miasto Raków na Kielecczyźnie, gdzie posiadali drukarnie, gimnazjum i kilka zborów.