Zawodniczą karierę zakończył w październiku 2000. Pracował w sztabie trenerskim w SG Flensburg-Handewitt. 13 listopada 2005 w meczu Ligi Mistrzów pomiędzy Paris HB a tym klubem kontuzje zmusiły do zejścia z parkietu kilku zawodników gości. Z konieczności Bogdan Wenta wszedł na boisko w roli zawodnika niemieckiej drużyny. 44-letni wówczas zawodnik pojawił się na boisku z numerem 44 na plecach, co jak powiedział po meczu, było przypadkiem.
Od czerwca 2006 pracę w kadrze łączył z obowiązkami trenera w niemieckim pierwszoligowym klubie SC Magdeburg, gdzie jego podopiecznymi byli m.in. reprezentanci Polski: Karol Bielecki, Bartosz Jurecki i Grzegorz Tkaczyk. W 2007 doprowadził zespół do zwycięstwa w Pucharze EHF. Jeszcze w tym samym roku został zwolniony wraz ze swoim asystentem . Bezpośrednim powodem zwolnienia trenera, oprócz niezadowalających wyników, był list do zarządu klubu, w którym domagał się m.in. uregulowania zaległości finansowych, określenia wysokości premii oraz przeprowadzenia dyskusji na temat polityki transferowej Magdeburga.