Z powodu braku etatowych wodnosamolotów E15K i planów zaadaptowania „Ōyodo” do roli okrętu flagowego całej Floty Połączonej, podczas remontu w Yokosuka między 6 a 31 marca 1944 zastąpiono ciężką katapultę przez standardową krótszą, a hangar zaadaptowano na dodatkowe pomieszczenia sztabowe. Wzmocniono lekkie uzbrojenie przeciwlotnicze okrętu, dodając 29 działek 25 mm (6xIII, 11xI) i podnosząc ich liczbę do 47. Zamontowano też nowszy radar Typu 22. Od kwietnia 1944, „Ōyodo” służył na wodach japońskich, pełniąc rolę okrętu flagowego dowódcy Floty Połączonej, adm. Soemu Toyody.
20 października 1944 „Ōyodo” wyruszył z Japonii w kierunku Filipin. Wziął udział w lotniczo-morskiej bitwie o Leyte jako część zespołu wiceadm. Ozawy, mającego służyć za „przynętę” dla sił amerykańskich. Jego wodnosamoloty były jedynymi znajdującymi się w dyspozycji zespołu japońskiego, patrolując oraz ubezpieczając zespół. Podczas ataku amerykańskiego lotnictwa koło przylądka Engaño 25 października 1944, „Ōyodo” o 8:48 został uszkodzony trafieniem bomby w czwartą kotłownię. Później, kiedy japońskie lotniskowce zostały zatopione, wiceadm. Ozawa przeniósł ok. godz. 11 swoją flagę z trafionego lotniskowca „Zuikaku„ na „Ōyodo”. Został on później jeszcze lekko uszkodzony przez lotnictwo (dwa trafienia rakietami niekierowanymi i dwa bliskie upadki bomb).