Jednocześnie jego rządy spotykały się z wewnętrznymi niepokojami społecznymi – doszło do pierwszych po przemianach politycznych strajków generalnych, a w rezultacie do konfliktu PSOE z centralą związków zawodowych UGT i jej liderem Nicolasem Redondo.
W ostatnich latach rządów Felipe Gonzáleza ujawnione zostały różne skandale finansowe i korupcyjne z udziałem członków PSOE i administracji rządowej. Dotyczyły m.in. nielegalnego finansowania partii przez różne przedsiębiorstwa, tajnych funduszy m.in. w banku inwestycyjnym Ibercorp. Pojawiły się afery, nielegalnych prowizji przy budowie szybkiej kolei AVE, afery brata Alfonsa Guerry i Luisa Roldána (dyrektora generalnego Guardia Civil). Kryzys wywołało też ujawnienie sprawy GAL, wykorzystywanych do walki z ETA, firmowanych i finansowanych przez państwo szwadronów śmierci, o zorganizowanie których oskarżono wysokich urzędników państwowych. Felipe González konsekwentnie zaprzeczał swojemu zaangażowaniu w te sprawy.
Pod koniec rządów Hiszpania znalazła się w dość trudnej sytuacji gospodarczej: ponad 3,5 miliona bezrobotnych, niski wzrost gospodarczy, deficyt budżetowy na poziomie 5,5% i dług publiczny na poziomie 70%.